Alenka Zupan je poleg rednega pedagoškega dela aktivna tako na koncertnem kot na predavateljskem področju.
Predstavila se je na koncertnih odrih v Sloveniji ter tujini v Avstriji, Nemčiji, na Hrvaškem, v Bosni in Hercegovini, v Srbiji, Črni Gori, Italiji, Franciji, na Malti, na Tajskem in v ZDA.
Od leta 1998 vodi seminarje, delavnice in predstavitve za učitelje ter učence flavte, pedagoge ter učence drugih instrumentov o uspešnem vadenju flavte, poučevanju flavte, igranju flavte in interpretaciji, odpravljanju treme in nastopanju, komunikaciji ter predstavitvah priročnikov na glasbenih šolah in inštitucijah doma in v tujini Italija, Hrvaška, Črna Gora, Buenos Aires – Argentina, Bosna in Hercegovina, Sao Paulo – Brazilija, Rio de Janeiro – Brazilija, Santo Domingo – Dominikanska Republika, Bangkok – Tajska, Francija, Florida – ZDA.
Od leta 1997 organizira in vodi glasbene delavnice flavte z imenom PIKOLO za mlade slovenske flavtiste. Do sedaj se jih je zvrstilo na Bledu že 17. Od leta 2013 vodi mojstrski tečaj za flavto v sodelovanju z Ars Haliaeti, ki ga v soorganizaciji z Glasbeno šolo Koper organizira pianist Rok Palčič.
Kot idejni vodja od leta 2012 v sodelovanju z Glasbeno šolo Koper organizira strokovne delavnice za učitelje flavte Slovenije, kjer z izbiro izvrstnih predavateljev omogoča učiteljem flavte pridobivati ustrezna znanja za obogatitev pedagoškega dela.
Največji doprinos slovenskemu flavtizmu pa je nedvomno organizacija FlavtIstre – mednarodnega združevanja mladih flavtistov: Flavtistra 2007, 2012, 2014 v sodelovanju z Glasbeno šolo Koper. Kot idejni vodja preko festivala, delavnic, razstav, predavanj in koncertov vrhunskih flavtistov omogoča učencem in učiteljem flavte doživetje izjemnih glasbenih razsežnosti.