Alenko Zupan poznamo kot izvrstno in uspešno pedagoginjo flavte in komorne igre na Glasbeni šoli Koper od leta 1997 in na Umetniški gimnaziji Koper od leta 1999 dalje. S svojim edinstvenim načinom dela in predanostjo spodbuja učence in dijake, da svoje največje potenciale svobodno izrazijo tudi na odru. Zato njene varovanke dosegajo izjemne uspehe, nastopajo na izvenšolskih nastopih, festivalih, seminarjih, delavnicah in mojstrskih tečajih solistično, v različnih komornih zasedbah kot tudi solistično s simfoničnimi in godalnimi orkestri.
V osemnajstih letih delovne dobe je s svojimi učenci dosegla vrsto izjemnih uspehov na tekmovanjih doma in v tujini. Če povzamemo najodmevnejše nagrade, na regijskih, državnih in mednarodnih tekmovanj so mlade flavtistke domov prinesle 18 prvih nagrad, 3 zlate plakete, 9 drugih nagrad, … Med vsemi prvimi nagradami pa ne moremo mimo kar petih stotic. Najodmevnejša komorna skupina – kvartet flavt Nereide se je predstavila na številnih odrih v Sloveniji in tujini. Leta 2004 je Glasbena šola Koper izdala njihovo samostojno zgoščenko.
Alenka Zupan uspešno pripravlja dijakinje za nadaljnji študij flavte, mnoge so študij že zaključile in sedaj poučujejo/igrajo v orkestrih (Irena Kavčič, Jelena Pešič, Erika Dujc, Nika Hribar, Lea Sirk, Ana Dadič, Eva Mittendorfer) ali pa trenutno še študirajo (Nina Rupnik, Urša Časar).